Eines der für Evolutionisten nicht lösbaren Probleme ist das der irreduziblen Komplexität. Das heißt, daß ein Organ (das Auge ist ein gutes Beispiel dafür) - sogar die Zelle selber ist so ein System - nur als Ganzes möglich, weil im Sinne einer zufälligen Entwicklung sinnvoll ist. Die Systemteile setzen jeweils einander voraus, um Sinn zu ergeben. Das gilt interessanterweise für kleine Systeme noch mehr als für große. Gerade bei Zellen zeigt sich eine Komplexität der Ganzheitlichkeit, die überwältigend ist.
Die jeweiligen Teile als Zwischenschritte zu denken, wo einer nach dem anderen kommt, jeweils aber auf den Nachkommenden angewiesen und ausgerichtet ist, ist nicht möglich. Es wären allesamt gravierende Entwicklungsnachteile auf unbestimmte Zeit (weil von Zufallsmutation abhängig). Es ist darüber hinaus kein Organ oder System bei Lebewesen bekannt, das sinnlos weil noch unentwickelt und Zwischenschritt wäre. In den meisten Fällen wäre eine posthoc Entwicklung, also eine Entwicklung als Reaktion auf Umweltbedingungen, tödlich, sodaß jeweils die Lebewesen mit ersten Anpassungsschritten sterben würden, ehe sie sich "weiter entwickeln" können.
Es sind also die Organe, die einen Lebensraum als behausbar anzeigen, nicht umgekehrt. Ist es einmal umgekehrt (das berühmte Beispiel des Grottenmolchs ist bekannt, dessen Augen zwar vorhanden, aber verschlossen bleiben, weil er in ständig lichtloser Umgebung lebt) so bilden sich - und das ist der einzige Anpassungsvorgang - Organe, die in einem Lebensraum nicht gebraucht werden, allerbestenfalls zurück. Aber es bilden sich keine neuen. Die einzige beobachtbare, diesbezüglich positive Entwicklung (z. B. die Dichte des Fells bei Eisbären) ist eine Verstärkung vorhandener Anlagen, aber keine Neubildung, die dem Sommer- und Winterfell von Katze oder Hund vergleichbar ist.
Ein gutes Demonstrationsbeispiel für so eine irreduzible Komplexität sind die Augen der Mantis Krabbe. Sie sind vermutlich die komplexesten Augen im gesamten Tierreich, wo man mindestens siebzehn voneinander völlig verschiedene, immer sehr komplexe Sehsysteme kennt. Diese Augen sind auf Stielen angebracht und unabhängig voneinander bewegbar. Sie weisen fünfzehn unterschiedliche Lichtrezeptorenzellen auf. (Beim Menschen sind es nur drei.) Damit kann die Mantis Krabbe die Wellenlänge, auf die ihr Sehen anspricht, verändern und so ihrer Umgebung anpassen. Das korrespondiert mit der Fähigkeit, sich mit der Geschwindigkeit einer Pistolenkugel abzuschnellen, womit sich binnen Sekunden die Sehverhältnisse verändern können. Auch hier sind also sämtliche Fähigkeiten aufeinander und auf einen Lebensraum abgestimmt.
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